拝啓、psd

ビットレートが同じなら、同じファイルサイズになるはず。
もし同じにならないなら、オーディオのビットレートが違うのでしょう。
画質もほぼ同じのはずですが、f4v / mp4 の h.264 は、MainConcept社のもので、mov の h.264 とは、少し違うかもしれません。（apple純正？）



あと、ネット配信する際にどういうプレイヤーで再生させるのか分かりませんが。

f4v は flv の最新コンテナですが、あまり浸透しておらず対応するプレイヤーも少ないです。
mp4 は、YouTube や ニコニコ動画で採用されているので分かるように、Flash Player で再生することができます。
mp4 単体だと、QuickTime Player で再生します。
正直、mp4 だけでいい気がします。



余談です。（コンテナについて）
無理やりまとめると、こんな感じです。

avi　…　Windows の 標準コンテナ （古古）
mov　…　Mac の 標準コンテナ　（古古）
mpeg 2　…　主に DVD 用のコンテナ（コーデック）で Windows 寄り（古）
wmv　…　Windows の最新コンテナ　（新）
mp4　…　Mac の最新コンテナ　（新）

avi 、mov は、いろいろなコーデックを入れることができるため、品質はコーデック次第です。
ただし、mov の場合は標準で有用性の高いコーデックを用意してくれていますが、avi は標準のコーデックでは使い物になりません。 divx などを入れることで品質を高めることができますが、汎用性を失います。（人に配るのに向きません）
wmv は 本来、mp4 同様に高圧縮・高画質ですが、Adobe Media Encoder ではキレイに書き出すことができません。（エンコーダーの性能の問題です）
mp4 は、h.264 の専用コンテナで、高圧縮・高画質でいろんなところで採用されています。ただ、高解像度だと、Window 環境で重くなる傾向があります。